Στη δεύτερη φάση της διοργάνωσης θα λάβουν μέρος δεκαέξι ομάδες. Θα τοποθετηθούν όλες οι ομάδες στην ίδια κληρωτίδα και θα γίνει ελεύθερη κλήρωση και οι αγώνες θα είναι μονοί.
Για να ολοκληρωθεί η πρώτη φάση, εκκρεμεί ο αγώνας ΠΑΕΕΚ – Ανόρθωση που θα διεξαχθεί στο Μακάρειο Στάδιο την Τετάρτη 26 Οκτωβρίου.
Μέσω των αγώνων του πρώτου γύρου, έχουν εξασφαλίσει την πρόκριση τους η ΕΝ Παραλιμνίου (απέκλεισε την Ολυμπιάς Λυμπιών), η Νέα Σαλαμίνα (απέκλεισε την Πέγεια), ο ΑΠΟΕΛ (απέκλεισε τον ΠΟ Αχυρώνας Ονήσιλος), η Πάφος FC (απέκλεισε τη ΑΕΖ), η Δόξα Κατωκοπιάς (απέκλεισε το Οθέλλο), η ΑΕΛ (απέκλεισε τον Ερμή), ο Ακρίτας Χλώρακας (απέκλεισε την Ομόνοια 29Μ) και η Καρμιώτισσα Πολεμιδιών (απέκλεισε την ΕΝΥ Διγενής Ύψωνα).
Η Ομόνοια Λευκωσίας και ο Εθνικός Άχνας που αγωνίστηκαν στον περσινό τελικό και Απόλλων, ΑΕΚ που μαζί με την Ομόνοια, προκρίθηκαν σε φάση ομίλων των Πρωταθλημάτων UEFA, δεν συμμετείχαν στην πρώτη φάση της διοργάνωσης.
Επίσης, Άρης, Ολυμπιακός και ΠΟ Ξυλοτύμπου προκρίθηκαν μετά από κλήρωση στην δεύτερη φάση της διοργάνωσης χωρίς αγώνα.