Δεν θα αλλάξει το σύστημα διεξαγωγής του Πρωταθλήματος Νέων U21 όπως ανακοίνωσε η Ομοσπονδία. Παραμένουν όπως είχαν τα δεδομένα, με τη συμμετοχή 14 ομάδων και δύο γύρους, με τον πρωταθλητή να βγαίνει στις 26 αγωνιστικές, όπως και οι τρεις ομάδες που θα υποβιβαστούν.
Στο Πρωτάθλημα Νέων Α’ Κατηγορίας αγωνιστικής περιόδου 2016-17 θα συμμετέχουν οι ακόλουθες ομάδες: ΟΜΟΝΟΙΑ, Ανόρθωση, Αποέλ, Ολυμπιακός, Απόλλωνας, ΑΕΛ, ΑΕΚ, Πάφος FC, ΕΝΠ, ΑΕΖ, ΘΟΪ, Νέα Σαλαμίνα, Καρμιώτισσα και Εθνικός Άχνας.
