Με 48 ομάδες να χωρίζονται σε 12 ομίλους των τεσσάρων σε κάθε ένα, πραγματοποιήθηκε η κλήρωση των ομίλων του Europa League. Δύσκολος ο όμιλος του Παναθηναϊκού, αφού θα αντιμετωπίσει τον Άγιαξ, τη Σταντάρ Λιέγης και τη Θέλτα. Αντίπαλοι του ΠΑΟΚ στη φάση των ομίλων θα είναι η Φιορεντίνα, η Σλόβαν Λίμπερετς και Καραμπάκ, ενώ ο Ολυμπιακός θα παίξει με Αποέλ, Γιουνγκ Μπόις και Αστάνα.
Αναλυτικά οι όμιλοι της δεύτερης τη τάξει ευρωπαϊκής διασυλλογικής διοργάνωσης:
Group Α: Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, Φενέρμπαχτσε, Φέγενοορντ, Ζόρια.
Group B: Ολυμπιακός, Αποέλ, Γιουνγκ Μπόις, Αστάνα.
Group C: Άντερλεχτ, Σεντ Ετιέν, Μάιντς, Γκαμπάλα.
Group D: Ζενίτ, Αλκμάαρ, Μακάμπι Τελ Αβίβ, Ντάνταλκ.
Group Ε: Πλζεν, Ρόμα, Αούστρια Βιέννης, Άστρα.
Group F: Μπιλμπάο, Γκενκ, Ραπίντ Βιέννης, Σασουόλο.
Group G: Άγιαξ, Σταντάρ Λιέγης, Θέλτα, Παναθηναϊκός.
Group H: Σαχτάρ, Μπράγκα, Γάνδη, Κόνιασπορ.
Group I: Σάλκε, Ζάλτσμπουργκ, Κράσνονταρ, Νις.
Group J: Φιορεντίνα, ΠΑΟΚ, Σλόβαν Λίμπερετς, Καραμπάκ.
Group K: Ίντερ, Σπάρτα Πράγας, Σαουθάμπντον, Χάποελ Μπερ Σέβα.
Group L: Βιγιαρέαλ, Στεάουα, Ζυρίχη, Οσμανλισπόρ.
